Historia reciente

Durante el Congreso las dos corrientes renovadoras pretenden alcanzar un acuerdo de consenso para presentar un candidato común y así poder cambiar la dirección del partido. Sin embargo, la existencia de tensiones entre miembros de Nuevo Andalucismo y Mayoría por el cambio, impiden el acuerdo. 

Los resultados fueron los siguientes: el candidato oficialista Antonio Ortega con el 59% de los votos, mientras los pachequistas de María del Mar Calderón y su corriente Mayoría por el Cambio obtuvieron el 21% de los votos, y los renovadores de Nuevo Andalucismo liderados por Antonio Moreno y Julián Álvarez el 20%.

Se escinde así la corriente de Pedro Pacheco creando el Partido Socialista de Andalucía (PSA). Julián Álvarez gana las elecciones en Écija por tercera vez consecutiva, pero un pacto entre el PSOE, IU y un tránsfuga del PSEI lo apartan de la Alcaldía, por lo que se retira temporalmente de la política.

En 2004, el 4 de diciembre se celebra el XIII Congreso Nacional, además de la Candidatura del Secretario General Antonio Ortega se presenta una segunda candidatura liderada por el ex-alcalde de Écija, Julián Álvarez, resultando ésta ganadora dando así paso al inicio de la renovación del Partido Andalucista.

El nuevo equipo elegido para dirigir el PA llega desde el municipalismo y ninguna de las personas que lo integran excepto Álvarez ha ocupado nunca un cargo nacional en la organización. La renovación iniciada provoca la retirada de la política activa de los anteriores dirigentes del partido: desde Antonio Ortega hasta Pepe Calvo.

El descalabro del PA en una de sus plazas fuertes, como es la provincia de Sevilla, en las elecciones municipales de 2007 provocan un nuevo debate interno en el Partido Andalucista, tras la pérdida de la casi totalidad de alcaldías que presidía dicho partido (Isla Cristina escenificó en los informativos dicho descalabro ya que hasta la fecha había sido feudo tradicional del partido y se pierde tras salir del gobierno con mayoría absoluta).

En las Elecciones generales españolas de 2008, a pesar de ir el PA en coalición con la práctica totalidad de los partidos nacionalistas andaluces (Coalición Andalucista), obtienen un descalabro todavía mayor al perder su representación en el Parlamento de Andalucía.

El 7 de Junio de 2008 se celebra el Congreso Extraordinario Andalucista en Sevilla, donde se consigue un consenso entre los candidatos a la secretaría general del partido, Pilar González y Francisco Jiménez, acordando aportar 12 miembros la lista ganadora y 8 la perdedora.

Resulta ganadora Pilar Gonzalez, siendo ella la nueva Secretaria General y Francisco Jiménez Vicesecretario general del Partido Andalucista.